Home > Events > Soutenances

Soutenance de Thèse de Mathieu DUPRE

by corneille - published on

Titre de la Thèse : “Développements Méthodologiques en Spectrométrie de Masse LDI pour l’Analyse de Peptides

Soutenance prévue le vendredi 23 novembre 2012 à 9h00
CNRS Délégation Languedoc-Roussillon 1919, route de Mende 34293 Montpellier cedex 5 ( ESPACE COLLOQUES - Amphithéâtre )

Composition du jury proposé :

Mr Gérard BOLBACH, UMPC Université Pierre et Marie Curie : Rapporteur

Mr Frédéric AUBRIET, Université de Lorraine : Rapporteur

Mme Julie HARDOUIN, Université de Rouen : Examinateur

Mr Yannick COFFINIER, Université Lille 1 : Examinateur

Mr Jean MARTINEZ, Université Montpellier 1 : Examinateur

Mme Christine ENJALBAL, Université Montpellier 2

Mots-clés : Spectrométrie de masse, LDI, MALDI, ESI, CID, Peptides

Résumé :

L’émergence de disciplines post-génomiques, telles que la protéomique et la métabolomique, requiert le développement d’outils analytiques toujours plus performants afin de déterminer, respectivement, l’ensemble des peptides et protéines et des composés organiques de faible masse moléculaire présents dans un milieu biologique. En raison de sa sensibilité, spécificité et rapidité d’acquisition des données, la désorption/ionisation laser assistée par une matrice (MALDI) constitue une des méthodes d’ionisation majeure en spectrométrie de masse (MS) permettant d’envisager les analyses de ces composés. Cependant, elle présente des limitations pour la détection de petites molécules (<700 Da) due à la présence des ions de matrice dans les basses masses du spectre. Dans ce contexte, le potentiel de différentes techniques LDI alternatives a été évalué dans le cadre de la détection de peptides synthétiques de compositions et de tailles variées. Dans le cadre de cette thèse, de nouvelles stratégies analytiques LDI-MS et LDI-MS/MS basées sur l’utilisation de matrices inertes ont été développées. Pour ce faire, des substrats, à base de silice et de titane présentant différentes structurations, ont été utilisés pour assister la désorption/ionisation sans ajout de matrice organique. L’optimisation des méthodologies a été réalisée, puis l’évaluation de la sensibilité et de la reproductibilité des techniques a ensuite été appréciée. Les problématiques de discrimination spectrale dans le cas d’analyses de mélanges de peptides synthétiques et ou issus de digestats trypsiques de protéines ont été abordées afin de valider ces méthodologies LDI pour des applications en protéomique. Les performances des méthodes ont été comparées à celles obtenues dans des stratégies LDI assistées par des matrices organiques (MALDI) pour des échantillons de peptides synthétiques seuls et en mélange ainsi que de quatre digestats trypsiques issus du Cytochrome C (12 kDa), de la β-Caséine (24 kDa), de l’albumine de sérum bovin (BSA, 66 kDa) et du fibrinogène (340 kDa). Un second aspect a consisté en l’analyse de peptide en spectrométrie de masse en tandem. Pour cela, des expériences de dissociation de peptides en fragmentation basse et haute énergie respectivement sur des appareillages de type ESI-QqTOF et MALDI-TOF/TOF ont été menées. Les résultats obtenus ont contribué à une meilleure compréhension du séquençage peptidique et ont démontré des comportements particuliers propres à certaines séquences observés quelles que soient les méthodes d’activation vibrationnelle employées. La présence de résidus basiques, à partir du moment où ils ne se trouvent pas en position C-terminale, a été déterminante pour déclencher des voies de fragmentation en compétition avec les dissociations bx-yn attendues. Ces comportements doivent être impérativement pris en compte par les logiciels de séquençage.

Agenda

Ajouter un événement iCal