Jean-Louis Banères a obtenu son doctorat en Biochimie et Biologie Moléculaire à l'université de Montpellier en 1994, où il a travaillé sur la structure des complexes ADN-histones sous la direction de Joseph Parello. Il a ensuite effectué un stage postdoctoral au Burnham Institute à La Jolla (Californie, États-Unis), sous la direction d'Erkki Ruoslahti, sur les bases moléculaires de l'adhérence cellulaire (1994-1996). Il est ensuite nommé chercheur associé au Burnham Institute pour ce même projet (1996-1997). En 1998, il est recruté comme chercheur au CNRS dans le Laboratoire de Chimie Biomoléculaire et Interactions Biologiques de Montpellier, où il démarre un nouveau programme de recherche portant sur l'étude des bases moléculaires de la signalisation via les récepteurs couplés aux protéines G (RCPG), en utilisant les récepteurs des leucotriènes comme modèle. En 2007, il rejoint l'IBMM où il met en place l'équipe et démarre un nouveau projet visant à élucider les mécanismes de signalisation via les RCPG, avec cette fois le récepteur de la ghréline comme modèle.