Jean-François Hernandez a effectué sa thèse de doctorat dans le laboratoire du Prof. Bernard P. Roques (Université Paris V, 1987) sous la direction du Prof. Marie-Claude Fournié-Zaluski, où il a développé des inhibiteurs pseudo-dipeptidiques des enzymes dégradant les enképhalines en tant qu'analgésiques potentiels. Ensuite, il est allé au Salk Institute de San Diego en tant que chercheur postdoctoral (1988-1990) sous la direction du professeur Jean E. Rivier, où il a appris la synthèse de peptides en phase solide (chimies Boc et Fmoc, agonistes du GRF, antagonistes du CRF, conotoxines, longs peptides). Après son retour en France, il a obtenu unb poste d’attaché temporaire d’enseignement et de recherche de deux ans (ATER, 1990-1992) dans le laboratoire du professeur Joëlle Paris à la faculté de pharmacie de Lyon, où il a développé la méthodologie SPPS et travaillé sur un projet lié à l'immunologie. Il a obtenu un poste de chercheur permanent au CNRS en 1992 et a rejoint l'équipe de Gérard Arlaud à l'Institut de Biologie Structurale de Grenoble, où il a principalement réalisé la synthèse en phase solide de peptides pour des études fondamentales et/ou structurales. Il a également contribué à la caractérisation de peptidases microbiennes et d'inhibiteurs naturels de peptidases (inhibiteurs de trypsine de cucurbitacées comme MCoTI). En 2001, il a rejoint le laboratoire du professeur Jean Martinez (Laboratoire des acides aminés, peptides et protéines) à Montpellier, où il a commencé à superviser un petit groupe consacré au développement d'inhibiteurs d'enzymes (pseudo-peptides, hétérocycles) présentant un intérêt thérapeutique. Parmi les cibles qui ont été ou sont actuellement explorées : peptidases parasitaires (Plasmodium, Leishmania), b-lactamases, NO Synthases, Cathepsine D, sécrétases. Une deuxième partie importante de son activité est le développement de stratégies de synthèse en phase solide dans le domaine des peptides/pseudopeptides. En particulier, il a développé plusieurs stratégies pour la préparation de composés contenant une arginine ou un analogue d’arginine. Actuellement, son activité se concentre principalement sur : (i) le développement de molécules hétérocycliques comme inhibiteurs des métallo-b-lactamases, qui sont des enzymes bactériennes responsables de leur résistance aux antibiotiques carbapénèmes, une menace majeure pour la santé humaine ; (ii) le développement de pseudo-peptides inhibant une peptidase des parasites responsables de la malaria, Plasmodium falciparum et vivax.